你會讀marker嗎?
zui近在做PCR試驗,發現要了解的東西太多了,很多非常基礎的常識性的知識都很容易出問題,zui近就出現電泳圖中的Marker問題,一起做試驗的前輩教我從zui后一條開始數,zui后一條為11,代表72bp,前面再類推。按此方法比較一直以為自己沒跑出所需條帶,降低條件反復跑。
然后坐下來總結經驗,終于我認識到可能是Marker的閱讀問題,并且在試驗中我試著用不同的電泳時間看結果,發現有時候條帶總共是10條,有時候是9條。我意識到按照zui后一條條帶來定位是不準確的。并上網查看Marker說明,發現不同的Marker說明表格顯示有的總共11條,有的總共13條。但是在對照圖片上可以發現zui后的11號或13號甚至12號條帶往往光有數據而不顯示條帶,這說明zui后1條條帶甚至倒數第二條條帶是很難顯示的。有時它們在同一個條帶上標記兩個數據,這是因為如果電泳時間或膠的濃度影響,有時無法分辨為兩條。因此,我可以確信,用Marker比較一定要從起始端開始數,而不能根據zui末一個條帶來定位。拿到足夠的證據,同已經做了1年多試驗,就要發表文章的前輩討論,但他仍然堅持自己的看法,說是老師教他的。終于我將這個情況跟技術員及老板討論,zui終獲得認同。這樣看來,這個問題也不簡單。
另外補充幾條:
1、是應該從大條帶端開始數,原因有二:
小條帶跑得快,時間長了可能會跑出膠,所以電泳時要注意好時間;
在電泳過程中EB是向陰運動,所以跑到凝膠下緣的條帶染色很弱甚至不染色,也會看不到!必要時建議灌制長膠。
2、marker中的小條帶分子量較小,跑的時間長了容易彌散而導致看不清楚
3、同意上面的說法,zui近也在跑電泳,我每次也是從zui下面數的,上面的條帶有時候顏色很淺看不出來!
4、另外還有一些商用Marker,有一個條帶亮度超過其他條帶(比如為其他的兩倍),比較容易分辨,也可以幫助定位!